現在の仕様は、確かに256文字未満の文字しかアトムに変換していません。

次回のバージョンアップでは、65536文字未満に変更しますが、お急ぎのようでしたら、
prologcgiは、ソースも提供しておりますので、ソースを修正してバイナリを再作成することも出来ます。

<instdir>/system/pl/prologcgi.plの105行目の
if_can_atom(After,Atom):- length(After,Lng),Lng<256,!,name(Atom,After).
を
if_can_atom(After,Atom):- length(After,Lng),Lng<65536,!,name(Atom,After).
に変更して、ビルドして再作成して頂けますか。

Makefileは、 <instdir>/system/makeディレクトリの下にありますので、ご活用下さい。
(instdirは通常、/usr/local/share/azprologになります）

以上、宜しくお願いします。