稲葉さん
すいません

おっしゃるとおり

my_が抜けていました。

| ?-my_flatten([a,[b,[c],d],[e,f]],X).
X = [a,b,c,d,e,f];
no
| ?-

このとおり
実行できました。

ありがとうございます。

処理系作成中のSasagawaさんの方で、実行できるようになりました。
[].のドットをNilとしていたバグだそうです。（よくわかりませんが）

掲示板の流れ汚してしまいました。
一連の書き込み削除でもいいです。