Version 9 まではご指摘の表示がされる仕様（浮動小数点は有効精度をすべて）でありましたが、
現在のバージョンでは後続の連続する０を除いた仕様になっています。
お試しください。

AZ-Prolog version 9.24 (Win64/x64)
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| test:- name(1.234,[A,B,C,D,E]),name(X,[A,B,C,D]),write(X).
| ?-test.
1.23
yes